Nacido en Sevilla, en 1501, Fue notario en Sevilla y antes había acompañado a Cristóbal Colón en uno de sus viajes a América, emprende un viaje exploratorio por la costa colombiana, descubrió el rio Magdalena en 1501 .A su paso por la bahía de Cartagena, por equivocación la bautizó como Golfo de Barú. Ya en 1503 la Reina Isabel la Católica expediría una Real Provisión donde el nombre de "Bahía de Cartagena" aparecería en remplazo del apelativo que Bastidas le pusiera.
Obtiene en 1521 una capitulación para asentar una población en Tierra Firme, que llamará Santa Marta, negociando con los nativos de la región. En 1526 es nombrado gobernador, debiendo afrontar una sublevación en la que es herido. Posteriormente se retira a Cuba, donde fallecerá.